合肥海關(guān)于1989年5月建成開關(guān)，是海關(guān)總署垂直領(lǐng)導的正廳級單位。下轄蕪湖海關(guān)、安慶海關(guān)、馬鞍山海關(guān)、黃山海關(guān)、蚌埠海關(guān)、銅陵海關(guān)、阜陽海關(guān)、池州海關(guān)共8個隸屬海關(guān)。

合肥海關(guān)現(xiàn)內(nèi)設17個部門，其中副局級機構(gòu)1個，正處級機構(gòu)16個，分別為：辦公室、關(guān)稅處、監(jiān)管通關(guān)處、審單處、綜合統(tǒng)計處、稽查處、風險管理處、緝私局（副局級）、技術(shù)處、財務處、人事教育處、思想政治教育工作辦公室（機關(guān)黨委辦公室）、監(jiān)察審計室、現(xiàn)場業(yè)務處、駐駱崗機場辦事處、中國電子口岸數(shù)據(jù)中心合肥分中心、合肥海關(guān)機關(guān)服務中心。合肥海關(guān)共有關(guān)警員340余人，平均年齡35.5歲，其中95%為大專及以上學歷。

合肥海關(guān)遵照中央和總署的各項決定和指示，緊密結(jié)合關(guān)區(qū)工作和地方實際，與時俱進，開拓創(chuàng)新，以加入長三角區(qū)域通關(guān)改革的實際行動表達對地方的支持，同時推出支持安徽奮力崛起的實施意見和重點業(yè)務改革舉措。牟新生署長視察我關(guān)時題詞“服務經(jīng)濟，促進崛起”。

合肥海關(guān)將以改革、創(chuàng)新、發(fā)展為工作的主線，不斷深化“特色海關(guān)”建設，更新服務理念，創(chuàng)新服務手段，提高服務水平，在辦精品業(yè)務，創(chuàng)金牌服務和建人文環(huán)境方面積極努力，充分發(fā)揮海關(guān)各項職能，為促進地方經(jīng)濟發(fā)展作出應有的貢獻。