烏魯木齊海關(guān)始建于1944年，當(dāng)時稱“新疆關(guān)”， 由國民政府海關(guān)總稅務(wù)司署設(shè)立。1950年3月9日，中華人民共和國海關(guān)總署發(fā)布通令，將“新疆關(guān)”更名為“中華人民共和國迪化關(guān)”；1954年2月13日，海關(guān)總署電令“迪化關(guān)”更名為“烏魯木齊關(guān)”；1981年8月1日，正式稱為“中華人民共和國烏魯木齊海關(guān)”。1984年9月，經(jīng)國務(wù)院批準(zhǔn)，烏魯木齊海關(guān)為正局級海關(guān)。
　　五十多年來，伴隨著共和國成長的風(fēng)風(fēng)雨雨，烏魯木齊海關(guān)也走過了極不平凡的道路，既有過建關(guān)初期并稱全國四大關(guān)的輝煌，也有過“三易關(guān)名”、“三遷關(guān)址”和“七次改變隸屬關(guān)系”的艱難曲折。黨的十一屆三中全會的勝利召開，使人民海關(guān)重新煥發(fā)了青春的活力，充滿了無限生機(jī)。由此，烏魯木齊海關(guān)的改革和建設(shè)事業(yè)也步入了蓬勃發(fā)展的道路。
　　五十多年來，烏魯木齊海關(guān)關(guān)區(qū)幾代海關(guān)人“艱苦創(chuàng)業(yè)，忠于職守，頑強(qiáng)拼搏，無私奉獻(xiàn)”的信念始終沒有動搖。不論是在冰封雪裹的帕米爾高原，還是在偏僻荒蕪的戈壁風(fēng)口，各族關(guān)員始終牢記人民海關(guān)為人民的工作宗旨，始終牢記把關(guān)服務(wù)的職能，堅定不移地貫徹海關(guān)不同時期的工作方針，在5600公里的邊境線上，用對祖國的赤誠和辛勤的汗水，創(chuàng)造出了一個又一個的輝煌業(yè)績，筑起了捍衛(wèi)國家經(jīng)濟(jì)安全的鋼鐵長城。據(jù)統(tǒng)計，2004年，烏魯木齊關(guān)區(qū)海關(guān)共監(jiān)管進(jìn)出境貨物977萬噸，進(jìn)出境運(yùn)輸工具45.8萬輛（架）次，驗放90.3萬進(jìn)出境人員的行李物品，征收稅款35.5億元。
　　五十多年來，關(guān)區(qū)幾代海關(guān)人在履行好為國把關(guān)職能的同時，在雪域荒原，在戈壁風(fēng)口，從未停止過與高寒、缺氧、狂風(fēng)、暴雪等艱苦環(huán)境的頑強(qiáng)抗?fàn)?，克服了常人難以想象的困難，恪盡職守，扎根邊關(guān)，用壯麗的青春年華，譜寫了一曲“特別能吃苦，特別能忍耐，特別能戰(zhàn)斗，特別能奉獻(xiàn)”的壯麗篇章。這“四特”精神，激勵了一代又一代海關(guān)人堅守邊關(guān)、艱苦創(chuàng)業(yè)的豪邁激情，成為我們戰(zhàn)勝困難、開拓奮進(jìn)的無價之寶和精神財富。
　　五十多年的實踐證明，關(guān)區(qū)海關(guān)隊伍是一支堅定不移地與黨中央保持高度一致，聽黨話、跟黨走，能夠經(jīng)受各種考驗，具有戰(zhàn)斗力的隊伍。
　　內(nèi)設(shè)機(jī)構(gòu)：辦公室、法規(guī)處、通關(guān)管理處、關(guān)稅處、監(jiān)管處、綜合統(tǒng)計處、技術(shù)處、企業(yè)管理處、稽查處、風(fēng)險管理處、緝私局、人事教育處、財務(wù)處、政工辦（機(jī)關(guān)黨辦、工會、團(tuán)委）、監(jiān)察審計室。
　　派駐機(jī)構(gòu)：現(xiàn)場業(yè)務(wù)處、駐庫爾勒辦事處。
　　隸屬海關(guān)：阿拉山口海關(guān)、喀什海關(guān)、霍爾果斯海關(guān)、吐爾尕特海關(guān)、紅其拉甫海關(guān)、伊寧海關(guān)、塔城海關(guān)、阿勒泰海關(guān)、伊爾克什坦海關(guān)、機(jī)場海關(guān)。
　　事業(yè)單位：機(jī)關(guān)服務(wù)中心、海關(guān)總署烏魯木齊教育培訓(xùn)基地。
　　烏魯木齊緝私局隸屬機(jī)構(gòu)：阿拉山口海關(guān)緝私分局、喀什海關(guān)緝私分局、伊寧海關(guān)緝私分局、塔城海關(guān)緝私分局、阿勒泰海關(guān)緝私分局、機(jī)場海關(guān)緝私分局。
　　監(jiān)管區(qū)域：166萬平方公里。